Η υπνοθεραπεία θεωρείται συχνά ως ένα ψυχαγωγικό παιχνίδι, ωστόσο έχει ορισμένες εφαρμογές στην αντιμετώπιση ιατρικών περιστατικών. Μια τέτοια διαταραχή είναι το ευερέθιστο έντερο. Το σύνδρομο αυτό ταλαιπωρεί 58 εκατομμύρια Αμερικανούς, με κοιλιακά άλγη, μετεωρισμό, δυσκοιλιότητα και διάρροια. Οι ειδικές δίαιτες και οι φαρμακευτικές αγωγές συνήθως δεν έχουν καλά αποτελέσματα.
Για πρώτη φορά πριν από 20 χρόνια, για την αντιμετώπιση του συνδρόμου εφαρμόστηκε η υπνοθεραπεία. Πιο πρόσφατα, βρετανοί ερευνητές παρακολούθησαν 204 ασθενείς για 6 χρόνια και βρήκαν ότι 12 εβδομαδιαίες υπνοθεραπείες διάρκειας μίας ώρας βελτίωσαν σημαντικά τα συμπτώματα κατά 71%. Από αυτούς, μετά τη διακοπή της υπνοθεραπείας, το 81% είχε βελτιωθεί για χρόνια. Οι εν λόγω ασθενείς είπαν επίσης ότι λάμβαναν λιγότερα φάρμακα και πως επισκέπτονταν τους γιατρούς λιγότερο συχνά.
Αν και η υπνοθεραπεία μπορεί να είναι δαπανηρή, οι ερευνητές πιστεύουν ότι τα μακροπρόθεσμα οφέλη αντισταθμίζουν το κόστος. Επιπρόσθετα, λιγότεροι από ένας στους δέκα ασθενείς επιχείρησαν εναλλακτικές θεραπείες αφού δοκίμασαν την υπνοθεραπεία.