Οι κυψέλες καυσίμου υδρογόνου που τοποθετούνται στα οχήματα είναι περίπου δύο φορές πιο αποδοτικές από τις μηχανές εσωτερικής καύσης. Εν αντιθέσει προς τους συμβατικούς κινητήρες, οι κυψέλες καυσίμου εκλύουν στην ατμόσφαιρα μόνο υδρατμούς και θερμότητα.
Ωστόσο, το υδρογόνο δεν υπάρχει ελεύθερο στη φύση, οπότε η παραγωγή του εξαρτάται από τις τρέχουσες πηγές ενέργειας. Οι μέθοδοι παραγωγής καθαρού υδρογόνου είτε είναι δαπανηρές και μη ευρέως διαδεδομένες (συμπεριλαμβανομένων και αυτών που στηρίζονται σε ανανεώσιμες πηγές ενέργειας όπως η ηλιακή, η αιολική και η υδροηλεκτρική) είτε παράγουν ανεπιθύμητα αέρια θερμοκηπίου (όσες στηρίζονται σε γαιάνθρακες ή άλλα ορυκτά καύσιμα).
Τελικά, το υδρογόνο μπορεί να μην αποτελεί πανάκεια, αν και ίσως είναι κατάλληλο για ορισμένες χρήσεις. Οι μεταφορές μάλλον δεν θα συμπεριλαμβάνονται σε αυτές.
