Η γενικευμένη ομομιξία μπορεί να αυξήσει τον κίνδυνο της εξαφάνισης επαπειλούμενων ειδών, όπως οι πάνθηρες και τα τσιτάχ, διότι τα καθιστά περισσότερο ευάλωτα σε παράσιτα και λοιμώξεις. Και αυτό επειδή η ομομιξία εξασθενεί το ανοσοποιητικό τους σύστημα και ευνοεί τον επιπολασμό ορισμένων γενετικών νόσων. Για παράδειγμα, το εξαιρετικά επαπειλούμενο είδος του πάνθηρα της Φλόριντας (Felis concolor coryi), του οποίου σήμερα υπάρχουν λιγότεροι από 100 αντιπρόσωποι, είναι ασυνήθιστα ευπρόσβλητο σε βακτηριακές λοιμώξεις, ενώ τη δεκαετία του 1980 μια λοιμώδης περιτονίτιδα των αιλουροειδών εξολόθρευσε πάνω από το 50% ενός πληθυσμού τσιτάχ που παρουσίαζε ομομιξία σε εξαιρετικά υψηλό βαθμό, παρότι τα περισσότερα αιλουροειδή σπανίως προσβάλλονται από αυτή.
Τώρα, η υπόθεση ότι η ομομιξία μειώνει την ικανότητα των ζώων να ανθίστανται στις νόσους επιβεβαιώνεται και από πειράματα που έκαναν ερευνητές του Πανεπιστημίου της Macquarie (Αυστραλία) σε ομομικτικούς και μη πληθυσμούς δροσοφίλης, τους οποίους προσέβαλαν με λοιμογόνα βακτήρια. Οι ερευνητές επέλεξαν το παραπάνω είδος μύγας επειδή αναπαράγεται τόσο γρήγορα ώστε σε διάστημα μερικών εβδομάδων προκύπουν αρκετοί ομομικτικοί πληθυσμοί. Οι πληθυσμοί αυτοί παρουσίασαν μεγαλύτερη θνησιμότητα από τους μη ομομικτικούς λόγω της βακτηριακής λοίμωξης, μάλιστα δε εκείνα τα μέλη τους που κατάφερναν να επιβιώσουν γεννούσαν λιγότερα αβγά.
Οι ερευνητές ισχυρίζονται ότι τα πειράματά τους αντικατοπτρίζουν με επιτυχία τη φυσική πραγματικότητα για τους σχετικά μικρούς πληθυσμούς επαπειλούμενων ειδών που με την πάροδο του χρόνου υφίστανται εντονότερη ομομιξία. Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι τα είδη αυτά εγκλωβίζονται σε έναν φαύλο κύκλο προς τον όλεθρο, αφού, καθώς τα ομομικτικά ζώα προσβάλλονται συχνότερα από λοιμώξεις, αφήνουν πίσω τους λιγότερους απογόνους για τη διαιώνιση του είδους τους, γεγονός που οδηγεί σε ακόμα περισσότερα ομομικτικά και περισσότερο ευπαθή ζώα.
Μερικοί επιστήμονες ενίστανται στη γενίκευση των αποτελεσμάτων από τη δροσοφίλη στα τσιτάχ και τα άλλα θηλαστικά, κυρίως επειδή το ανοσοποιητικό της σύστημα είναι λιγότερο πολύπλοκο. Ωστόσο, οι ερευνητές που διεξήγαγαν τα πειράματα δηλώνουν ότι τα αποτελέσματά τους ίσως βοηθήσουν στη διάσωση των επαπειλούμενων ειδών, συμβάλλοντας στην καλύτερη κατανόηση των κινδύνων που συνδέονται με την ομομιξία.
